問:在用qEP做支原體檢測(cè)的時(shí)候,加入內(nèi)控對(duì)照品,在儀器設(shè)置上是需要選擇兩個(gè)通道嗎?
答:是需要2個(gè)通道,一個(gè)FAM, 一個(gè)HEX,HEX是對(duì)應(yīng)內(nèi)控的通道。
問:我想問一下,7500儀器里面沒有HEX這個(gè)通道選項(xiàng),可以用哪個(gè)通道代替呢?
答:7500這款是沒有HEX熒光標(biāo)識(shí),不過(guò)問過(guò)廠家,說(shuō)7500有VIC,可以用VIC通道。
問:qPCR結(jié)果判定中,FAM positive,HEX irrelevant中這個(gè)不相關(guān)是具體指什么?
答:這個(gè)不相關(guān)是指如果FAM是陽(yáng)性,那么由于擴(kuò)增時(shí)存在競(jìng)爭(zhēng)性抑制,所以內(nèi)控是否有擴(kuò)增,其無(wú)關(guān)緊要。
問:在用樣品制備試劑盒時(shí),進(jìn)行支原體DNA提取時(shí),加入內(nèi)控對(duì)照品,實(shí)際上是監(jiān)控在提取操作總是否能夠binding支原體DNA,而無(wú)法監(jiān)測(cè)這步操作的回收率的,是嗎?
答:“實(shí)際上是監(jiān)控在提取操作總是否能夠binding支原體DNA”,可以這么理解,或者說(shuō)是在監(jiān)測(cè)整個(gè)提取過(guò)程。我們又問了一下廠家,內(nèi)控和樣品的提取效率是一樣的,這樣可以反映樣品的真實(shí)情況,因?yàn)橹灰獌?nèi)控提取后能測(cè)出來(lái),那就表明提取是沒有問題的。極少量的支原體如10CFU的,通過(guò)提取,也是可以檢測(cè)到的,表明靈敏度是沒有問題的。樣本Ct值和10CFU的Ct值比較,是可以進(jìn)行相對(duì)定量的。
問:你們好,我問一下你們這個(gè)Venor Gem qEP試劑盒能做放行檢測(cè)嗎?
答:放行應(yīng)相當(dāng)于國(guó)外說(shuō)的release testing, 這個(gè)qEP試劑盒是符合國(guó)外藥典規(guī)定的性能,能做放行檢測(cè)的。同時(shí)需注意要做支原體DNA抽提才行,抽提是用另外一個(gè)盒子,見廠家的venor gem sample preparation kit。
問:這個(gè)如果是用來(lái)檢測(cè)細(xì)胞上清,是不是就不用提取DNA了呢?
答:只要是跟藥典有關(guān),跟臨床治療或制藥檢驗(yàn)有關(guān),就需要提取DNA。如果僅僅是科研用培養(yǎng)細(xì)胞,篩查支原體,則可以不提。
問:詢問qPCR儀器的設(shè)置
答:具體可見MB廠家文件Venor®GeM qEP: Cyclers Programming,可從網(wǎng)站上下載。
問:被動(dòng)參比染料是選“none”吧?
答:對(duì),沒有ROX,選none
問:大家好,想咨詢一下,咱們支原體DNA提取時(shí)所取的樣本量是依據(jù)什么定的呢,比如,我們有CAR-T細(xì)胞,病毒液等,如果CAR-T細(xì)胞按細(xì)胞數(shù)來(lái)的話取多少細(xì)胞數(shù)比較好,或者如果病毒液按體積的話多少體積更佳呢?
答:支原體 DNA 提取試劑盒可從多含有 1X 106細(xì)胞/ml 的細(xì)胞上清中直接分離 DNA,病毒沒有要求??傮w積多 200μl。提取的樣本就是細(xì)胞上清,ATMPs(高級(jí)醫(yī)用藥品),細(xì)胞培養(yǎng)基等。病毒液應(yīng)該也是初來(lái)自細(xì)胞上清吧。樣本量是根據(jù)支原體污染量得出的經(jīng)驗(yàn)值,跟核酸純化柱上的DNA膜吸附能力有關(guān)。
問:病毒液就是類似細(xì)胞上清的。如果體積大于200ul的話我們可以濃縮,但是這個(gè)體積有沒有一個(gè)上限呢?
答:體積有上限,是200 to 1000 µl, 可以參看經(jīng)典法試劑盒的那個(gè)說(shuō)明書里對(duì)樣本處理那一塊。這個(gè)樣本量同時(shí)還考慮了靈敏度,使檢測(cè)達(dá)到很好的靈敏度。如果細(xì)胞數(shù)高于1X 106細(xì)胞/ml ,那必須要先調(diào)細(xì)胞數(shù)了?;蛘邷p少樣本體積,總細(xì)胞數(shù)不超,也行。
問:您好,我這邊要提取10cfu對(duì)照品的基因組,10cfu對(duì)照品的說(shuō)明書寫著用1ml基質(zhì)重懸,基因提取試劑盒說(shuō)一次上樣200μl進(jìn)行提取,想問您一下,用200μl基質(zhì)重懸10cfu可以嗎,想一次提完。
答:還是建議用1ml的基質(zhì)重懸,因?yàn)殪`敏度是以10CFU/ml為單位的。如果用200ul,濃度就高了。廠家建議10CFU標(biāo)準(zhǔn)品復(fù)溶了以后,要立即用完,不要再保存,擔(dān)心可能降解。
問:那1ml溶解的標(biāo)準(zhǔn)品,按提取試劑盒的要求,就得用多個(gè)管子一次提完對(duì)吧?
答:是的。
問:這個(gè)抽提試劑盒的收率有多少,是磁珠還是吸附柱?吸附柱的收率能有,因?yàn)橐郧拔覀冇闷渌放频某樘嵩噭┖?,收率只有百分之六,這樣的話,就存在假陰性結(jié)果的可能。
答:是吸附柱的方法。提取試劑盒的COA里,用的是很少量的支原體10CFU/ml,提取DNA后都可以檢測(cè)到。廠家來(lái)信說(shuō),產(chǎn)率依賴于DNA的類型(如GC含量,是基因組還是質(zhì)粒)、操作者的技巧以及樣本基質(zhì)的情況。因?yàn)檫@些情況,操作者很難達(dá)到生產(chǎn)商所給的比率,從而形成各種討論,因此產(chǎn)率沒寫到說(shuō)明書里。
問:要檢測(cè)支原體的培養(yǎng)基中有酚紅,是否還需要抽提?
答:只要是在25ulPCR體系中加入的樣本量≤2ul,酚紅就不會(huì)對(duì)qPCR構(gòu)成問題。更高濃度的酚紅會(huì)引起基線偏移,造成靈敏度降低。如果僅僅是篩查,則不需要抽提DNA。如果是做10CFU/ml的產(chǎn)品放行檢查,則需要抽提了。細(xì)胞基質(zhì)的驗(yàn)證總是要做的。
問:做qPCR,一個(gè)陰性對(duì)照Ct約為40,也有擴(kuò)增曲線。是什么原因?
答:Ct值大于40可能是由于產(chǎn)生非特異性信號(hào)(如primer artefacts)以及極微小的污染所致。 但是,該結(jié)果是不具有可重復(fù)性的,因此結(jié)果仍然是陰性。
問:一步法的盒子的靈敏度是否總低于經(jīng)典法試劑盒?有沒有可能一步法的盒子也能檢測(cè)10CFU?
答:廠家回復(fù)如下:意思是一步法的樣本量為2ul用于支原體篩查,經(jīng)典法為10ul,用于產(chǎn)品的放行檢測(cè)。檢測(cè)10CFU的標(biāo)準(zhǔn)品非常具有挑戰(zhàn)性。一步法因?yàn)闃颖玖坎粔?,很難達(dá)到10CFU/ml。如果客戶想要包含DNA聚合酶的PCR試劑盒,可以選擇VenorGeM Classic G型試劑盒。它和經(jīng)典法(不含酶)的交叉驗(yàn)證確實(shí)做過(guò),顯示同樣的靈敏度。但全套的驗(yàn)證沒有做過(guò)。
問:支原體10cfu標(biāo)準(zhǔn)品是干粉吧? 配完后是多少體積?
答:是凍干粉,加基質(zhì)液后是1ML體積。
問:基質(zhì)液產(chǎn)品里帶嗎?
答:這個(gè)產(chǎn)品里不帶,是客戶自己要檢測(cè)哪類樣品,就用樣品里的基質(zhì)液(例如用的哪個(gè)培養(yǎng)基)
問:PCR經(jīng)典法,跑膠時(shí)體現(xiàn)1條陽(yáng)性帶,是否代表PCR經(jīng)典法可以檢測(cè)多種支原體,無(wú)法區(qū)分支原體種類。
答:PCR經(jīng)典法,跑膠時(shí)為1條陽(yáng)性帶,無(wú)法區(qū)分支原體種類,需要將擴(kuò)增產(chǎn)物測(cè)序鑒定。